fixed pycac format output to use correct atom tags, fixed mode_da syntax

src/Makefile.dep

@@ -1,26 +1,190 @@
-obj/atoms.o : atoms.f90 obj/functions.o obj/parameters.o 
-obj/box.o : box.f90 obj/functions.o obj/parameters.o 
-obj/caller.o : caller.f90 obj/box.o obj/opt_bubble.o obj/opt_slip_plane.o obj/opt_redef_box.o obj/opt_delete.o obj/opt_deform.o obj/opt_orient.o obj/opt_group.o obj/opt_disl.o obj/parameters.o obj/mode_calc.o obj/mode_metric.o obj/mode_merge.o obj/mode_convert.o obj/mode_create.o obj/mode_da.o 
-obj/elements.o : elements.f90 obj/box.o obj/sorts.o obj/subroutines.o obj/functions.o obj/parameters.o 
-obj/functions.o : functions.f90 obj/parameters.o 
-obj/io.o : io.f90 obj/str.o obj/box.o obj/atoms.o obj/parameters.o obj/elements.o 
-obj/main.o : main.f90 obj/caller.o obj/io.o obj/elements.o obj/parameters.o 
-obj/mode_calc.o : mode_calc.f90 obj/box.o obj/elements.o obj/subroutines.o obj/io.o obj/parameters.o 
-obj/mode_convert.o : mode_convert.f90 obj/io.o obj/elements.o obj/box.o obj/parameters.o 
-obj/mode_create.o : mode_create.f90 obj/box.o obj/elements.o obj/subroutines.o obj/io.o obj/atoms.o obj/parameters.o 
-obj/mode_da.o : mode_da.f90 obj/neighbors.o obj/elements.o obj/io.o obj/parameters.o 
-obj/mode_merge.o : mode_merge.f90 obj/neighbors.o obj/elements.o obj/subroutines.o obj/io.o obj/atoms.o obj/parameters.o 
-obj/mode_metric.o : mode_metric.f90 obj/neighbors.o obj/elements.o obj/io.o obj/parameters.o 
-obj/neighbors.o : neighbors.f90 obj/functions.o obj/subroutines.o obj/elements.o obj/parameters.o 
-obj/opt_bubble.o : opt_bubble.f90 obj/opt_group.o obj/box.o obj/elements.o obj/parameters.o 
-obj/opt_deform.o : opt_deform.f90 obj/box.o obj/elements.o obj/subroutines.o obj/parameters.o 
-obj/opt_delete.o : opt_delete.f90 obj/neighbors.o obj/elements.o obj/subroutines.o obj/parameters.o 
-obj/opt_disl.o : opt_disl.f90 obj/box.o obj/subroutines.o obj/elements.o obj/parameters.o 
-obj/opt_group.o : opt_group.f90 obj/sorts.o obj/box.o obj/subroutines.o obj/elements.o obj/parameters.o 
-obj/opt_orient.o : opt_orient.f90 obj/box.o obj/elements.o obj/subroutines.o obj/parameters.o 
-obj/opt_redef_box.o : opt_redef_box.f90 obj/subroutines.o obj/elements.o obj/box.o 
-obj/opt_slip_plane.o : opt_slip_plane.f90 obj/subroutines.o obj/functions.o obj/elements.o obj/parameters.o 
-obj/parameters.o : parameters.f90 
-obj/sorts.o : sorts.f90 obj/parameters.o 
-obj/str.o : str.f90 
-obj/subroutines.o : subroutines.f90 obj/str.o obj/box.o obj/functions.o obj/parameters.o 
+# This file is generated automatically. DO NOT EDIT!
+
+obj/main :  \
+	obj/atoms.o \
+	obj/box.o \
+	obj/caller.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/functions.o \
+	obj/io.o \
+	obj/main.o \
+	obj/mode_calc.o \
+	obj/mode_convert.o \
+	obj/mode_create.o \
+	obj/mode_da.o \
+	obj/mode_merge.o \
+	obj/mode_metric.o \
+	obj/neighbors.o \
+	obj/opt_bubble.o \
+	obj/opt_deform.o \
+	obj/opt_delete.o \
+	obj/opt_disl.o \
+	obj/opt_group.o \
+	obj/opt_orient.o \
+	obj/opt_redef_box.o \
+	obj/opt_slip_plane.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/sorts.o \
+	obj/str.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/atoms.o :  \
+	obj/functions.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/box.o :  \
+	obj/functions.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/caller.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/mode_calc.o \
+	obj/mode_convert.o \
+	obj/mode_create.o \
+	obj/mode_da.o \
+	obj/mode_merge.o \
+	obj/mode_metric.o \
+	obj/opt_bubble.o \
+	obj/opt_deform.o \
+	obj/opt_delete.o \
+	obj/opt_disl.o \
+	obj/opt_group.o \
+	obj/opt_orient.o \
+	obj/opt_redef_box.o \
+	obj/opt_slip_plane.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/elements.o :  \
+	obj/atoms.o \
+	obj/box.o \
+	obj/functions.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/sorts.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/functions.o :  \
+	obj/parameters.o
+
+obj/io.o :  \
+	obj/atoms.o \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/str.o
+
+obj/main.o :  \
+	obj/caller.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/io.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/mode_calc.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/io.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/mode_convert.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/io.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/mode_create.o :  \
+	obj/atoms.o \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/io.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/mode_da.o :  \
+	obj/elements.o \
+	obj/io.o \
+	obj/neighbors.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/mode_merge.o :  \
+	obj/atoms.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/io.o \
+	obj/neighbors.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/mode_metric.o :  \
+	obj/elements.o \
+	obj/io.o \
+	obj/neighbors.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/neighbors.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/functions.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/opt_bubble.o :  \
+	obj/atoms.o \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/opt_group.o \
+	obj/parameters.o
+
+obj/opt_deform.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/opt_delete.o :  \
+	obj/elements.o \
+	obj/neighbors.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/opt_disl.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/opt_group.o :  \
+	obj/atoms.o \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/sorts.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/opt_orient.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/opt_redef_box.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/elements.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/opt_slip_plane.o :  \
+	obj/elements.o \
+	obj/functions.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/subroutines.o
+
+obj/parameters.o : 
+
+obj/sorts.o :  \
+	obj/parameters.o
+
+obj/str.o : 
+
+obj/subroutines.o :  \
+	obj/box.o \
+	obj/functions.o \
+	obj/parameters.o \
+	obj/str.o

src/io.f90

@@ -624,12 +624,12 @@ module io
             if(allocated(vel_atom)) then 
                 write(11, 16)
                 do i = 1, atom_num
-                    write(11, '(2i16, 6f23.15)') i, type_atom(i), r_atom(:,i), vel_atom(:, i)
+                    write(11, '(2i16, 6f23.15)') tag_atom(i), type_atom(i), r_atom(:,i), vel_atom(:, i)
                 end do
             else
                 write(11,14)
                 do i = 1, atom_num
-                    write(11, '(2i16, 3f23.15)') i, type_atom(i), r_atom(:,i)
+                    write(11, '(2i16, 3f23.15)') tag_atom(i), type_atom(i), r_atom(:,i)
                 end do
             end if
         end if

src/mode_da.f90

@@ -309,4 +309,4 @@ module mode_da
         
         close(11)
     end subroutine write_da_xyz
-end module
+end module mode_da