Alex Selimov
4 years ago
parent
24b1647754
commit
90bdc160cb
@ -1,53 +1,49 @@
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FC=gfortran
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.SUFFIXES: .c .f .f90 .F90 .o
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.DEFAULT_GOAL := all
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||||
#Ifort flags
|
||||
#FFLAGS=-mcmodel=large -g -O0 -stand f08 -fpe0 -traceback -check bounds,uninit -warn all -implicitnone -no-wrap-margin -heap-arrays
|
||||
FC=mpif90
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||||
FFLAGS=-Wall -mcmodel=large -O0 -g -fbacktrace -fcheck=all -ffpe-trap=invalid,zero,overflow,underflow,denormal
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||||
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||||
#FFLAGS=-mcmodel=large -Ofast -no-wrap-margin -heap-arrays
|
||||
OBJDIR=obj
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||||
SRCS := $(wildcard *.f90)
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OBJECTS := $(addprefix $(OBJDIR)/,$(SRCS:%.f90=%.o))
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||||
#gfortran flags
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FFLAGS=-mcmodel=large -O3 -g
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||||
#FFLAGS=-mcmodel=large -O0 -g -fbacktrace -fcheck=all
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||||
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||||
MODES=mode_create.o mode_merge.o mode_convert.o mode_metric.o mode_calc.o
|
||||
OPTIONS=opt_disl.o opt_group.o opt_orient.o opt_delete.o opt_deform.o opt_redef_box.o opt_slip_plane.o
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||||
OBJECTS=main.o elements.o io.o subroutines.o functions.o atoms.o call_mode.o box.o neighbors.o $(MODES) $(OPTIONS) call_option.o sorts.o
|
||||
|
||||
.SUFFIXES:
|
||||
.SUFFIXES: .c .f .f90 .F90 .o
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#----------------- DEPENDENCIES -----------------#
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# GENERATED USING https://github.com/ZedThree/fort_depend.py **requires python3**
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# > pip install fortdepend
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# > fortdepend -o Makefile.dep -i mpi -b obj/
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include Makefile.dep
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#----------------- DEFAULTS -----------------#
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||||
all: cacmb
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cacmb: $(OBJECTS)
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$(FC) $(FFLAGS) $(OBJECTS) parameters.o -o $@
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||||
.PHONY: deps
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cacmb: $(OBJECTS) $(OBJDIR)/main.o
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||||
$(FC) $(FFLAGS) $(OBJECTS) -o $@
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||||
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||||
$(OBJDIR)/%.o: %.f90
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||||
@mkdir -p $(@D)
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||||
$(FC) $(FFLAGS) -c -o $@ $< -J$(OBJDIR)
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||||
.f90.o:
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||||
$(FC) $(FFLAGS) -c $<
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||||
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||||
deps:
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||||
@fortdepend -o Makefile.dep -i mpi -b obj -w
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||||
#----------------- CLEAN UP -----------------#
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||||
.PHONY: clean
|
||||
clean:
|
||||
$(RM) cacmb *.o *.mod *genmod*
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|
||||
testfuncs: testfuncs.o functions.o subroutines.o
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||||
$(FC) testfuncs.o functions.o subroutines.o box.o elements.o -o $@
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||||
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||||
.PHONY: cleantest
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||||
cleantest:
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||||
$(RM) testfuncs testfuncs.o
|
||||
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||||
.PHONY: test
|
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test: testfuncs
|
||||
./testfuncs
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||||
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||||
.PHONY: install
|
||||
install: cacmb
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||||
cp ./cacmb /usr/local/bin
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||||
|
||||
$(OBJECTS) : parameters.o
|
||||
atoms.o subroutines.o testfuncs.o box.o : functions.o
|
||||
main.o io.o $(MODES) $(OPTIONS) : elements.o
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||||
call_mode.o : $(MODES)
|
||||
call_option.o : $(OPTIONS)
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||||
elements.o : sorts.o
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||||
$(MODES) $(OPTIONS) subroutines.o io.o : atoms.o box.o
|
||||
$(MODES) main.o : io.o
|
||||
testfuncs.o elements.o mode_create.o $(OPTIONS) $(MODES): subroutines.o
|
||||
opt_delete.o mode_metric.o : neighbors.o
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||||
$(RM) *.mod *.o
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||||
$(RM) $(OBJDIR)/*.mod $(OBJDIR)/*.o CAC
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||||
@$(RM) -rf obj/
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||||
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||||
.PHONY: clean-all
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||||
clean-all: clean
|
||||
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||||
# DEBUGGING VARIABLE PRINT
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||||
print-% : ; @echo $* = $($*)
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||||
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||||
@ -0,0 +1,175 @@
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||||
# This file is generated automatically. DO NOT EDIT!
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||||
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||||
obj/main : \
|
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obj/atoms.o \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/caller.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/functions.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/main.o \
|
||||
obj/mode_calc.o \
|
||||
obj/mode_check.o \
|
||||
obj/mode_convert.o \
|
||||
obj/mode_create.o \
|
||||
obj/mode_merge.o \
|
||||
obj/mode_metric.o \
|
||||
obj/neighbors.o \
|
||||
obj/opt_deform.o \
|
||||
obj/opt_delete.o \
|
||||
obj/opt_disl.o \
|
||||
obj/opt_group.o \
|
||||
obj/opt_orient.o \
|
||||
obj/opt_redef_box.o \
|
||||
obj/opt_slip_plane.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/sorts.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
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||||
obj/atoms.o : \
|
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obj/functions.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/box.o : \
|
||||
obj/functions.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/caller.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/mode_calc.o \
|
||||
obj/mode_check.o \
|
||||
obj/mode_convert.o \
|
||||
obj/mode_create.o \
|
||||
obj/mode_merge.o \
|
||||
obj/mode_metric.o \
|
||||
obj/opt_deform.o \
|
||||
obj/opt_delete.o \
|
||||
obj/opt_disl.o \
|
||||
obj/opt_group.o \
|
||||
obj/opt_orient.o \
|
||||
obj/opt_redef_box.o \
|
||||
obj/opt_slip_plane.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/elements.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/functions.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/sorts.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/functions.o : \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/io.o : \
|
||||
obj/atoms.o \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/main.o : \
|
||||
obj/caller.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/mode_calc.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/mode_check.o : \
|
||||
obj/atoms.o \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/functions.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/neighbors.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/mode_convert.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/mode_create.o : \
|
||||
obj/atoms.o \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/mode_merge.o : \
|
||||
obj/atoms.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/mode_metric.o : \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/io.o \
|
||||
obj/neighbors.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/neighbors.o : \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/functions.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/opt_deform.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/opt_delete.o : \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/neighbors.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/opt_disl.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/opt_group.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/opt_orient.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/opt_redef_box.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/opt_slip_plane.o : \
|
||||
obj/elements.o \
|
||||
obj/functions.o \
|
||||
obj/parameters.o \
|
||||
obj/subroutines.o
|
||||
|
||||
obj/parameters.o :
|
||||
|
||||
obj/sorts.o : \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
|
||||
obj/subroutines.o : \
|
||||
obj/box.o \
|
||||
obj/functions.o \
|
||||
obj/parameters.o
|
||||
@ -1,34 +0,0 @@
|
||||
subroutine call_mode(arg_pos)
|
||||
!This code is used to parse the command line argument for the mode information and calls the required
|
||||
!mode module.
|
||||
|
||||
use mode_create
|
||||
use mode_convert
|
||||
use mode_merge
|
||||
use mode_metric
|
||||
use mode_calc
|
||||
use parameters
|
||||
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
integer, intent(out) :: arg_pos
|
||||
|
||||
select case(mode)
|
||||
case('--create')
|
||||
call create(arg_pos)
|
||||
case('--convert')
|
||||
call convert(arg_pos)
|
||||
case('--merge')
|
||||
call merge(arg_pos)
|
||||
case('--metric')
|
||||
call metric(arg_pos)
|
||||
case('--calc')
|
||||
call calc(arg_pos)
|
||||
case default
|
||||
print *, "Mode ", trim(adjustl(mode)), " currently not accepted. Please check documentation for ", &
|
||||
"accepted modes and rerun."
|
||||
|
||||
stop 3
|
||||
|
||||
end select
|
||||
end subroutine call_mode
|
||||
@ -1,53 +0,0 @@
|
||||
subroutine call_option(option, arg_pos)
|
||||
use parameters
|
||||
use opt_disl
|
||||
use opt_group
|
||||
use opt_orient
|
||||
use opt_deform
|
||||
use opt_delete
|
||||
use opt_redef_box
|
||||
use opt_slip_plane
|
||||
use box
|
||||
implicit none
|
||||
|
||||
integer, intent(inout) :: arg_pos
|
||||
character(len=100), intent(in) :: option
|
||||
|
||||
select case(trim(adjustl(option)))
|
||||
case('-disl','-dislgen', '-disloop','-vacancydisloop')
|
||||
call dislocation(option, arg_pos)
|
||||
case('-group')
|
||||
call group(arg_pos)
|
||||
case('-ow')
|
||||
arg_pos = arg_pos + 1
|
||||
case('-wrap')
|
||||
arg_pos = arg_pos + 1
|
||||
case('-orient')
|
||||
call orient(arg_pos)
|
||||
case('-unorient')
|
||||
call unorient
|
||||
arg_pos = arg_pos + 1
|
||||
case('-boundary')
|
||||
arg_pos=arg_pos+1
|
||||
call get_command_argument(arg_pos, box_bc)
|
||||
arg_pos=arg_pos+1
|
||||
bound_called = .true.
|
||||
case('-sbox_ori')
|
||||
call sbox_ori(arg_pos)
|
||||
case('-deform')
|
||||
call deform(arg_pos)
|
||||
case('-delete')
|
||||
call run_delete(arg_pos)
|
||||
case('-set_cac')
|
||||
arg_pos=arg_pos +3
|
||||
case('-set_types')
|
||||
arg_pos = arg_pos + 2 + atom_types
|
||||
case('-redef_box')
|
||||
call redef_box(arg_pos)
|
||||
case('-slip_plane')
|
||||
call run_slip_plane(arg_pos)
|
||||
case default
|
||||
print *, 'Option ', trim(adjustl(option)), ' is not currently accepted.'
|
||||
stop 3
|
||||
end select
|
||||
end subroutine call_option
|
||||
@ -0,0 +1,91 @@
|
||||
module caller
|
||||
!this module just calls modes and options
|
||||
|
||||
use mode_create
|
||||
use mode_convert
|
||||
use mode_merge
|
||||
use mode_metric
|
||||
use mode_calc
|
||||
use parameters
|
||||
use opt_disl
|
||||
use opt_group
|
||||
use opt_orient
|
||||
use opt_deform
|
||||
use opt_delete
|
||||
use opt_redef_box
|
||||
use opt_slip_plane
|
||||
use box
|
||||
|
||||
|
||||
implicit none
|
||||
public
|
||||
contains
|
||||
subroutine call_mode(arg_pos)
|
||||
!This code is used to parse the command line argument for the mode information and calls the required
|
||||
!mode module.
|
||||
|
||||
integer, intent(out) :: arg_pos
|
||||
|
||||
select case(mode)
|
||||
case('--create')
|
||||
call create(arg_pos)
|
||||
case('--convert')
|
||||
call convert(arg_pos)
|
||||
case('--merge')
|
||||
call merge(arg_pos)
|
||||
case('--metric')
|
||||
call metric(arg_pos)
|
||||
case('--calc')
|
||||
call calc(arg_pos)
|
||||
case default
|
||||
print *, "Mode ", trim(adjustl(mode)), " currently not accepted. Please check documentation for ", &
|
||||
"accepted modes and rerun."
|
||||
|
||||
stop 3
|
||||
end select
|
||||
end subroutine call_mode
|
||||
|
||||
subroutine call_option(option, arg_pos)
|
||||
integer, intent(inout) :: arg_pos
|
||||
character(len=100), intent(in) :: option
|
||||
|
||||
select case(trim(adjustl(option)))
|
||||
case('-disl','-dislgen', '-disloop','-vacancydisloop')
|
||||
call dislocation(option, arg_pos)
|
||||
case('-group')
|
||||
call group(arg_pos)
|
||||
case('-ow')
|
||||
arg_pos = arg_pos + 1
|
||||
case('-wrap')
|
||||
arg_pos = arg_pos + 1
|
||||
case('-orient')
|
||||
call orient_opt(arg_pos)
|
||||
case('-unorient')
|
||||
call unorient
|
||||
arg_pos = arg_pos + 1
|
||||
case('-boundary')
|
||||
arg_pos=arg_pos+1
|
||||
call get_command_argument(arg_pos, box_bc)
|
||||
arg_pos=arg_pos+1
|
||||
bound_called = .true.
|
||||
case('-sbox_ori')
|
||||
call sbox_ori(arg_pos)
|
||||
case('-deform')
|
||||
call deform(arg_pos)
|
||||
case('-delete')
|
||||
call run_delete(arg_pos)
|
||||
case('-set_cac')
|
||||
arg_pos=arg_pos +3
|
||||
case('-set_types')
|
||||
arg_pos = arg_pos + 3 + atom_types
|
||||
case('-redef_box')
|
||||
call redef_box(arg_pos)
|
||||
case('-slip_plane')
|
||||
call run_slip_plane(arg_pos)
|
||||
case default
|
||||
print *, 'Option ', trim(adjustl(option)), ' is not currently accepted.'
|
||||
stop 3
|
||||
end select
|
||||
end subroutine call_option
|
||||
|
||||
end module caller
|
||||
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